自由贸易港税收制度的设计原则
《总体方案》提出，要按照“零关税、低税率、简税制、强法治、分阶段”的设计原则，逐步建立与高水平自由贸易港相适应的税收制度。
“零关税”——海南自由贸易港将分两步实现零关税，第一步是全岛封关运作前，对部分进口商品免征进口关税、进口环节增值税和消费税。第二步是全岛封关运作、简并税制后，对进口征税商品目录以外、允许海南自由贸易港进口的商品，免征进口关税。
“低税率”——对在海南自由贸易港实质经营的企业实行企业所得税优惠税率，对符合条件的个人实行个人所得税优惠政策。
“简税制”——在海南自由贸易港探索推进比国内其他地区更加简化的税收制度，通过改革税种制度、降低间接税比例，实现税种结构简单科学、税制要素充分优化、税负水平明显降低、收入归属清晰明了、财政收支大体均衡。
“强法治”——税收管理部门按实质经济活动所在地和价值创造地原则对纳税行为进行评估和预警，制定简明易行的实质经营地、所在地居住判定标准，强化对偷漏税风险的识别，防范税基侵蚀和利润转移，避免海南自由贸易港成为“避税天堂”。
“分阶段”——按照海南自由贸易港建设的不同阶段，分步骤实施零关税、低税率、简税制的安排，坚持先立后破、不立不破，久久为功、循序渐进，最终形成具有国际竞争力的税收制度。
自由贸易港税收优惠内容
15%优惠税率、政策叠加问题
对注册在海南自由贸易港并实质性运营的鼓励类产业企业，减按15%征收企业所得税。国内企业所得税一般征收25%。即使在上海、深圳等政策高地，也只有特定地区、特定行业有机会享受15%的所得税，机会很少；在海南，除了负榜行业，全省、全行业都可以享受。（目前来看，海南企业所得税全国最低）
这里要特别注意“实质性运营”和“鼓励类”者两个条件的约束，既可以吸引真正符合自贸港产业发展规划的企业汇集海南，又能够防止没有实际经营活动的“空壳企业”浑水摸鱼，扰乱正常的税收管理秩序。
对于满足这一条件的企业，如果也是小型微利企业或高新技术企业，两项税率优惠政策不能够叠加享受，但可以和“三免三减半”的优惠政策同时享受，因为小型微利企业和高新技术企业的优惠政策也是税率式优惠，而“三免三减半”不是。
免征部分企业所得税
对在海南自由贸易港设立的旅游业、现代服务业、高新技术产业企业新增境外直接投资取得的所得，免征企业所得税。
新增境外直接投资所得应当符合以下条件：
（一）从境外新设分支机构取得的营业利润；或从持股比例超过20%（含）的境外子公司分回的，与新增境外直接投资相对应的股息所得。
（二）被投资国（地区）的企业所得税法定税率不低于5%。本条所称旅游业、现代服务业、高新技术产业，按照海南自由贸易港鼓励类产业目录执行。
“零关税”大大降低企业成本
对货物贸易实行以“零关税”为基本特征的制度安排，对纳入清单管理的货物及物品免征进口关税、进口环节增值税和消费税。
一是对生产设备。除法律法规和相关规定明确不予免税、国家规定禁止进口的商品外，对企业进口自用的生产设备，实行“零关税”负面清单管理。
二是对交通工具。对岛内进口用于交通运输、旅游业的船舶、航空器等营运用交通工具及游艇，实行“零关税”正面清单管理。
三是对原辅材料。对岛内进口用于生产自用或以“两头在外”模式进行生产加工所消耗的原辅料，实行“零关税”正面清单管理。
四是对居民消费品。对岛内居民消费的进境商品，实行正面清单管理，允许岛内免税购买。
个人所得税优惠力度“很大”
自2020年1月1日起至2024年12月31日，对在海南自由贸易港工作的高端人才和紧缺人才，其个人所得税负超过15%的部分予以免征，同时明确了享受优惠的所得范围等事宜。
在海南，如果是高端紧缺型人才，那在全岛封关前就可以享受最高15%的个税税率。如果普通人才，那在封关运作后，只要是每年在海南累计居住满183天，在海南取得的综合所得和经营所得，都按照3%、10%、15%三档超额累进税率征收个税。
作为对比，内地个税实行七档税率，最高为45%。在海南自贸港工作年薪达到42.5万元以上的，都可以比内地少缴税；如果年薪为100万元，每年可以少缴约9万元个人所得税。
海南自贸港的建设是国家扩大开放的一种方式，《总体方案》则能够吸引全球贸易商到海南设立相关企业，对于跨境贸易非常有利。《总体方案》中表明，2025年前，贸易和投资的自由便利是其主要发力方向。
相信未来几年之后，海南势必会形成新一波的公司注册浪潮。
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